Analiza danych RNA-seq w R (Poznań/2-dniowy warsztat)
Kurs rozpoczniemy od krótkiego wstępu dotyczącego podstaw R, po czym przejdziemy do przedstawienia specyfiki analiz danych wysokoprzepustowych, jakimi są dane pochodzące z eksperymentu RNA-seq. Zapoznamy Państwa z wstępną analizą takich danych tj. analizą jakości, mapowaniem oraz wstępną filtracją i normalizacją, a następnie przejdziemy do analizy wyższego rzędu czyli analizy różnicowej i ontologii genowej. Przekazujemy wiedzę praktyczną popartą przykładami, ćwiczeniami oraz tzw. case study. Kurs ma na celu wprowadzić w podstawy analiz dużych zbiorów danych next generation sequencing (NGS).
Termin: 5 i 6 marca 2021 r., 10:00-15:00.
Miejsce: warsztat online.
Grupa: maks. 7 osób
Wykładowca: Dr Alicja Szabelska-Beręsewicz
Cena: 1000 zł netto (1230 zł brutto).
Zagadnienia:
Krótkie wprowadzenie do R. Pakiet dplyr
Podstawowe statystyki opisowe: miary tendencji centralnej, miary rozrzutu, analiza rozkładu danych
Podstawowe wykresy
Podstawy wizualizacji danych: pakiet ggplot2
Wprowadzenie do RNA-seq i Bioconductor
Analiza jakości, mapowanie, zliczanie countów
Testy zgodności, niezależności
Podstawowe testy statystyczne dla danych NGS: edgeR, deseq, limma
Analiza GO i KEGG
Wizualizacja wyników
Case study
Rejestracja na szkolenie odbywa się poprzez formularz zgłoszeniowy dostępny TUTAJ