Jednym z podstawowych elementów komputerowej analizy sekwencji jest określanie podobieństwa pomiędzy sekwencjami DNA lub białek. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) to rodzina programów pozwalających na szybkie przeszukiwanie baz sekwencji i znajdowanie sekwencji podobnych do sekwencji użytej jako zapytanie.
09:00 – 09:10 |
Otwarcie warsztatów |
09:10 – 10:30 |
Główne bazy sekwencji genomowych - wykład |
10:30 – 11:30 |
Przyrównania lokalne i globalne - wykład |
11:30 – 11:45 |
Przerwa |
11:45 – 12:45 |
Programy do przeszukiwania baz i określania stopnia podobieństwa badanych sekwencji - wykład |
12:45 – 13:45 |
Wyszukiwanie podobnych sekwencji - BLAST - ćwiczenie |
13:45 – 14:00 |
Przerwa |
14:00 – 15:00 |
Wyszukiwanie podobnych sekwencji – BLAT (Blast Like Alignment Tool); elektroniczny PCR - ćwiczenie |
15:00 – 16:00 |
Przyrównanie wielu sekwencji (multiple alignment) – Clustal, Mega5 - ćwiczenie |
16:00 |
Zakończenie warsztatów |