PRZYGOTOWYWANIE BIBLIOTEK DO RNA-SEQ
Jednym z podstawowych zadań biologii molekularnej i genomiki jest analiza transkrypcji genów. Informacje o globalnym profilu ekspresji genów mogą stanowić dobrą podstawę do wnioskowania o stanie organizmu i ma duże zastosowanie w badaniach naukowych, medycznych i farmakologicznych. Obecnie są szeroko stosowane dwie wysokoprzepustowe techniki do profilowania transkryptomicznego – sekwencjonowanie RNA (RNA-Seq) i mikromacierze ekspresyjne. Zastosowanie mikromacierzy ograniczone jest jednak ich dostępnością (przeważnie są opracowane dla organizmów modelowych) oraz zawartością sond. Technika RNA-seq nie wymaga syntezy mikromacierzy i może być stosowana do badania każdego organizmu. Techniką RNA-Seq można zarówno badać znane, jak i odkrywać nowe transkrypty. W porównaniu z techniką mikromacierzy, metoda RNA-seq charakteryzuje się znacznie większą czułością i dokładnością.
Podczas kursu omówione zostaną również dopiero co pojawiające się i jeszcze praktycznie nieznane w Polsce metody analizy transkrypcji genów (NanoString, spektrometria mas DNA, bezpośredni pomiar częstotliwości inicjacji transkrypcji).
Niniejszy kurs umożliwi Państwu praktyczne i teoretyczne zapoznanie się z przygotowaniem bibliotek do RNA-seq.
PROGRAM KURSU
|
1 dzień |
|
|
09:00 – 09:15 |
Otwarcie kursu |
|
09:15 – 10:15 |
Wydzielenie i ocena jakości RNA – wykład I |
|
10:15 – 11:00 |
Wydzielenie całkowitego RNA – ćwiczenie 1 |
|
11:00 – 11:30 |
Sprawdzenie jakości wydzielonego RNA – ćwiczenie 2 |
|
11:30 – 11:45 |
Pomiar ilości wydzielonego RNA – ćwiczenie 3 |
|
11:45 – 12:30 |
Oczyszczenie RNA od śladów DNA – ćwiczenie 4 |
|
12:30 – 13:10 |
Wydzielenie poliA RNA – ćwiczenie 5 |
|
13:10 – 14:00 |
Przygotowywanie bibliotek do RNAseq – wykład II |
|
14:00 – 14:30 |
Przerwa |
|
14:30 – 14:50 |
Fragmentacja poliA RNA – ćwiczenie 6 |
|
14:50 – 15:00 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćwiczenie 7 Część A. Synteza pierwszej nici cDNA |
|
15:00 – 15:45 |
Projektowanie doświadczeń RNAseq – wykład III |
|
15:45 – 16:00 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćwiczenie 7 Część B. Synteza drugiej nici cDNA |
|
2 dzień |
|
|
09:00 – 09:40 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćwiczenie 7 Część C. Oczyszczanie dwuniciowego cDNA |
|
09:40 – 09:50 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćwiczenie 7 Część D. Naprawa końców dwuniciowego cDNA |
|
09:50 – 10:50 |
Sekwencjonowanie i sekwenatory NGS – wykład IV |
|
10:50 – 11:00 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćwiczenie 7 Część E. Ligacja adapterów |
|
11:00 – 11:15 |
Przerwa |
|
11:15 – 12:00 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćwiczenie 7 Część F. Oczyszczanie produktów ligacji |
|
12:00 – 12:15 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćwiczenie 7 Część G. Amplifikacja biblioteki |
|
12:15 – 13:15 |
Analiza wyników RNAseq – wykład V |
|
13:15 – 14:00 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćwiczenie 7 Część H. Oczyszczenie biblioteki i pomiar stężenia przygotowanej biblioteki |
|
14:00 – 14:15 |
Interpretacja wyników doświadczenia 7 |
|
14:15 |
Zakończenie |
Prowadzący: Dr hab. Tadeusz Malewski
Termin: 08 – 09 czerwca 2018 roku
Miejsce: Muzeum i Instytut Zoologii PAN, ul. Wilcza 64 Warszawa
Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 1 czerwca 2018 r.
Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.
Dodatkowych informacji udziela:
Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83; 607 929 471
Opłata za udział w kursie wynosi 1400 zł netto + 23% VAT.
Zamawiający zwolniony z podatku VAT proszony jest o dostarczenie drogą elektroniczną (e-mail: mbs@mbs.biz.pl) stosownego oświadczenia
Opłata obejmuje:
Opłatę należy wpłacić na konto:
MBS Szkolenia, Konferencje, Usługi Sp. z o.o.
03-766 Warszawa, ul. Grajewska 6/8 m. 26
Bank Polska Kasa Opieki S.A. Oddział w Warszawie
80 1240 6074 1111 0010 4915 6042
NIP 113 286 12 19; REGON 146448470; KRS 0000444499
Przy wpłacie prosimy o podanie nazwiska osoby, której udział w kursie jest opłacany.
Uczestnicy otrzymają dyplom ukończenia szkolenia
