Przygotowywanie bibliotek do RNA-seq
Jednym z podstawowych zadań biologii molekularnej i genomiki jest analiza transkrypcji genów. Informacje o globalnym profilu ekspresji genów mogą stanowić dobrą podstawę do wnioskowania o stanie organizmu i ma duże zastosowanie w badaniach naukowych, medycznych i farmakologicznych. Obecnie są szeroko stosowane dwie wysokoprzepustowe techniki do profilowania transkryptomicznego – sekwencjonowanie RNA (RNA-Seq) i mikromacierze ekspresyjne. Zastosowanie mikromacierzy ograniczone jest jednak ich dostępnością (przeważnie są opracowane dla organizmów modelowych) oraz zawartością sond. Technika RNA-seq nie wymaga syntezy mikromacierzy i może być stosowana do badania każdego organizmu. Techniką RNA-Seq można zarówno badać znane, jak i odkrywać nowe transkrypty. W porównaniu z techniką mikromacierzy, metoda RNA-seq charakteryzuje się znacznie większą czułością i dokładnością.
Podczas kursu omówione zostaną również dopiero co pojawiające się i jeszcze praktycznie nieznane w Polsce metody analizy transkrypcji genów (NanoString, spektrometria mas DNA, bezpośredni pomiar częstotliwości inicjacji transkrypcji). Niniejszy kurs umożliwi Państwu praktyczne i teoretyczne zapoznanie się z przygotowaniem bibliotek do RNA-seq.
PROGRAM KURSU
1 dzień |
|
09:00 – 09:15 |
Otwarcie kursu |
09:15 – 10:15 |
Projektowanie doświadczeń RNAseq – wykład I |
10:15 – 11:15 |
Wydzielenie i ocena jakości RNA – wykład II |
11:15 – 11:30 |
Przerwa |
11:30 – 12:00 |
Wydzielenie całkowitego RNA – ćw. 1 |
12:00 – 12:30 |
Sprawdzenie jakości wydzielonego RNA – ćw. 2 |
12:30 – 13:00 |
Oczyszczenie RNA od śladów DNA – ćw. 3 |
13:00 – 13:30 |
Wydzielenie i fragmentacja poliA RNA – ćw. 4 |
13:30 – 13:45 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćw. 5 Cz. I. Synteza pierwszej nici cDNA |
13:45 – 14:15 |
Przerwa |
14:15 – 14:30 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćw. 5 Cz. II. Synteza drugiej nici cDNA |
14:30 – 14:45 |
Interpretacja wyników ćwiczeń 1 – 3 |
14:45 – 15:45 |
Przygotowywanie bibliotek do RNAseq – wykład III |
15:45 – 16:15 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćw. 5 Cz. III. Oczyszczanie dwuniciowego cDNA |
2 dzień |
|
09:00 – 09:15 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćw. 5 Cz. IV. Naprawa końców dwuniciowego cDNA |
09:15 – 10:15 |
Sekwencjonowanie i sekwenatory NGS – wykład IV |
10:15 – 10:30 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćw. 5 Cz. V. Ligacja adapterów |
10:30 – 10:45 |
Przerwa |
10:45 – 12:00 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćw. 5 Cz. VI. Oczyszczanie produktów ligacji |
12:00 – 12:15 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćw. 5 Cz. VII. Amplifikacja biblioteki |
12:15 – 12:30 |
Interpretacja wyników ćw. 4 |
12:30 – 13:30 |
Przygotowanie biblioteki RNAseq – ćw. 5 Cz. VIII. Oczyszczenie biblioteki i pomiar stężenia przygotowanej biblioteki |
13:30 – 13:45 |
Ocena biblioteki za pomocą 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies) |
13:45 – 14:45 |
Analiza wyników RNAseq – wykład V |
14:45 – 15:00 |
Interpretacja wyników ćw. 5 |
15:00 |
Zakończenie |
Prowadzący: Dr hab. Tadeusz Malewski
Termin: 23 – 24 czerwca 2017 roku
Miejsce: Muzeum i Instytut Zoologii PAN, ul. Wilcza 64 Warszawa
Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 16 czerwca 2017 r.
Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.
Dodatkowych informacji udziela:
Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83; 607 929 471
Opłata za udział w kursie wynosi 1200 zł netto + 23% VAT.
Zamawiający zwolniony z podatku VAT proszony jest o dostarczenie drogą elektroniczną (e-mail: mbs@mbs.biz.pl) stosownego oświadczenia
Opłata obejmuje:
Opłatę należy wpłacić na konto:
MBS Szkolenia, Konferencje, Usługi Sp. z o.o.
03-766 Warszawa, ul. Grajewska 6/8 m. 26
Bank Polska Kasa Opieki S.A. Oddział w Warszawie
80 1240 6074 1111 0010 4915 6042
NIP 113 286 12 19; REGON 146448470; KRS 0000444499
Przy wpłacie prosimy o podanie nazwiska osoby, której udział w kursie jest opłacany.
Uczestnicy otrzymają certyfikat ukończenia szkolenia