Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania DNA na sekwenatorach
nowej generacji
Jednym z podstawowych zadań biologii molekularnej jest poznanie struktury i funkcji genomów. Rozwój metod pozwala sekwencjonować DNA coraz szybciej i dokładniej. Obecnie na rynku są aparaty kilku producentów – Illumina (MiSEQ, HiSEQ, NextSEQ), Thermo Scientific (PMG, Proton, SOLID), Pacific Biosciences (PACBIO RSII). Obiecującym graczem jest Oxford Nanopores. Mają one różne możliwości i ograniczenia. Użytkownicy mogą wybrać odpowiadający im aparat lub zlecić sekwencjonowanie. Kluczowym momentem, wspólnym dla wszystkich aparatów jest właściwe przygotowanie bibliotek. Niniejszy kurs umożliwi Państwu praktyczne i teoretyczne zapoznanie się z przygotowaniem bibliotek do sekwencjonowania DNA.
PROGRAM KURSU
I dzień |
|
09:00 – 09:10 |
Otwarcie kursu |
09:10 – 10:10 |
Przygotowanie DNA i sekwencjonowania na NGS i planowanie eksperymentów – wykład I |
10:10 – 10:40 |
Wydzielanie DNA – ćw. 1 |
10:40 – 11:00 |
Ocena wyizolowanego DNA – ćw. 2 |
11:00 – 11:20 |
Fragmentacja DNA – ćw. 3 |
11:20 – 12:10 |
Oczyszczanie fragmentowanego DNA – ćw. 4 |
12:10 – 12:30 |
Ocena fragmentacji DNA – ćw. 5 |
12:30 – 13:30 |
Przygotowanie bibliotek DNA do sekwencjonowania – wykład II |
12:30 – 13:00 |
Przygotowanie biblioteki – ćw. 6 Część A. Naprawa końców pofragmentowanego DNA |
13:00 – 14:00 |
Sekwenatory nowej generacji (NGS) – ich możliwości i ograniczenia w sekwencjonowaniu genomów - wykład III |
14:00 – 14:30 |
Przerwa |
14:30 – 15:10 |
Przygotowanie biblioteki – ćw. 6 Część B. Oczyszczanie po naprawie końców |
15:10 – 15:50 |
Przygotowanie biblioteki – ćw. 6 Część C. dA-Tiling |
15:50 – 16:10 |
Przygotowanie biblioteki – ćw. 6 Część D. Oczyszczanie po tilingu |
II dzień |
|
09:00 – 09:40 |
Przygotowanie biblioteki – ćw. 6 Część E. Ligacja adapterów – ćw. 10 |
09:40 – 10:00 |
Przygotowanie biblioteki – ćw. 6 Część F. Oczyszczanie po ligacji |
10:00 – 10:15 |
Przygotowanie biblioteki – ćw. 6 Część G. Amplifikacja biblioteki |
10:15 – 11:15 |
Resekwencjonowanie i składanie de novo genomów - wykład IV |
11:15 – 11:30 |
Przerwa |
11:30 – 12:00 |
Przygotowanie biblioteki – ćw. 6 Część H. Oczyszczanie biblioteki |
12:00 – 12:30 |
Pomiar stężenia przygotowanej biblioteki – ćw. 7 |
12:30 – 13:00 |
Ocena wielkości wbudowanych fragmentów – ćw. 8 |
13:00 – 14:00 |
Demo - sekwenatory nowej generacji |
14:00 |
Zakończenie |
Prowadzący: dr hab. Tadeusz Malewski,
Termin: 07 – 08 kwietnia 2017 roku
Miejsce: Muzeum i Instytut Zoologii PAN, ul. Wilcza 64 Warszawa
Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 31 marca 2017 r.
Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.
Dodatkowych informacji udziela:
Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83; 607 929 471
Opłata za udział w kursie wynosi 1200 zł netto + 23% VAT.
Zamawiający zwolniony z podatku VAT proszony jest o dostarczenie drogą elektroniczną (e-mail: mbs@mbs.biz.pl) stosownego oświadczenia
Opłata obejmuje:
Opłatę należy wpłacić na konto:
MBS Szkolenia, Konferencje, Usługi Sp. z o.o.
03-766 Warszawa, ul. Grajewska 6/8 m. 26
Bank Polska Kasa Opieki S.A. Oddział w Warszawie
80 1240 6074 1111 0010 4915 6042
NIP 113 286 12 19; REGON 146448470; KRS 0000444499
Przy wpłacie prosimy o podanie nazwiska osoby, której udział w kursie jest opłacany.
Uczestnicy otrzymają certyfikat ukończenia szkolenia