Jednym z podstawowych zadań biologii molekularnej jest poznanie struktury i funkcji genomów. Rozwój metod pozwala sekwencjonować DNA coraz szybciej i dokładniej. Obecnie na rynku są aparaty kilku producentów – Illumina (MiSEQ, HiSEQ, NextSEQ), Thermo Scientific (PMG, Proton, SOLID), Pacific Biosciences (PACBIO RSII). Obiecującym graczem jest Oxford Nanopores. Mają one różne możliwości i ograniczenia. Użytkownicy mogą wybrać odpowiadający im aparat lub zlecić sekwencjonowanie. Kluczowym momentem, wspólnym dla wszystkich aparatów jest właściwe przygotowanie bibliotek. Niniejszy kurs umożliwi Państwu praktyczne i teoretyczne zapoznanie się z przygotowaniem bibliotek do sekwencjonowania DNA.
|
I dzień |
||
|
09:00 – 09:10 |
Otwarcie kursu |
|
|
09:10 – 09:40 |
Wydzielanie DNA – ćw. 1 |
|
|
09:40 – 10:00 |
Pomiar ilości i sprawdzenie jakości wydzielonego DNA – ćw. 2 |
|
|
10:00 – 10:20 |
Fragmentacja DNA – ćw. 3 |
|
|
10:20 – 11:10 |
Oczyszczanie fragmentowanego DNA – ćw. 4 |
|
|
11:10 – 11:30 |
Ocena fragmentacji DNA – ćw. 5 |
|
|
11:30 – 12:30 |
Przygotowanie bibliotek DNA do sekwencjonowania na NGS – wykład I |
|
|
12:30 – 12:45 |
Naprawa końców pofragmentowanego DNA – ćw. 6 |
|
|
12:45 – 13:45 |
Resekwencjonowanie i składanie de novo genomów - wykład II |
|
|
13:45 – 14:20 |
Przerwa |
|
|
14:20 – 15:10 |
Oczyszczanie po naprawie końców – ćw. 7 |
|
|
15:10 – 15:25 |
dA-Tiling – ćw. 8 |
|
|
15:25 – 16:15 |
Oczyszczanie po tilingu – ćw. 9 |
|
|
II dzień |
||
|
9:00 – 9:25 |
Ligacja adapterów – ćw. 10 |
|
|
9:25 – 10:15 |
Oczyszczanie po ligacji – ćw. 11 |
|
|
10:15 – 10:30 |
Amplifikacja biblioteki – ćw. 12 |
|
|
10:30 – 11:30 |
Sekwenatory nowej generacji (NGS) – ich możliwości i ograniczenia w sekwencjonowaniu genomów - wykład III |
|
|
11:30 – 11:45 |
Przerwa |
|
|
11:45 – 12:05 |
Oczyszczanie biblioteki – ćw. 13 |
|
|
12:05 – 12:25 |
Pomiar stężenia przygotowanej biblioteki na Qubicie – ćw. 14 |
|
|
12:25 – 13:30 |
Demo - sekwenatory nowej generacji (Illumina, PacBio, MiNION) |
|
|
13:30 |
Zakończenie |
|
rowadzący: dr hab. Tadeusz Malewski, prof. Andrzej Bednarek,
mgr Ewa Suchecka
Miejsce: Muzeum i Instytut Zoologii PAN, ul. Wilcza 64 Warszawa
Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 14 maja 2016 r.
Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.
Dodatkowych informacji udziela:
Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83; 607 929 471
