Kurs przeznaczony dla wszystkich osób, które chcą poznać sposoby pozyskiwania, analizy i obróbki danych związanych z Prokaryota i wirusami. Niezależnie od tego czy planują Państwo analizować dane samodzielnie, czy współpracować ze specjalistami w tej dziedzinie, na pewno warto wzbogacić swoją wiedzę o tego typu zagadnienia. Od uczestników kursu nie jest wymagana umiejętność programowania.
Oto zagadnienia, które zostaną poruszone podczas kursu:
 |
Dzień I: Bazy danych i analiza sekwencji (wykład + zajęcia komputerowe)  Bazy danych sekwencji genomowych, ortologii oraz ścieżek metabolicznych Analiza filogenetyczna oraz analiza rekombinacji sekwencji Analiza porównawcza genomów prokariotycznych |
|
Dzień II: Składanie i adnotacja genomów prokariotycznych (wykład + zajęcia komputerowe) Filtrowanie i wstępna obróbka danych NGS Składanie de novo genomów bakteryjnych i wirusowych w oparciu o różne technologie sekwencjonowania nowej generacji Adnotowanie genomu, identyfikacja sekwencji profagowych Resekwencjonowanie genomów i wyszukiwanie polimorfizmów Analiza ekspresji różnicowej genów w oparciu o dane RNA-Seq |
|
Dzień III: Metagenomika (wykład + zajęcia komputerowe) Analiza składu gatunkowego w oparciu o 16S rRNA Analiza sekwencji metagenomowych – wykrywanie genów, analizy porównawcze i funkcjonalne (MG–RAST) |
