Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu

Farmacja, Biotechnologia, Kosmetologia

NGS w badaniach regulacji genów
Data rozpoczęcia:
2015-01-31
Data zakończenia:
2015-02-01
Miejsce
Poznań

Oto zagadnienia, które zostaną poruszone podczas kursu:
 

Dzień pierwszy: część I

  • Metylacja: Dowiemy się jak poznać wzór metylacji w oparciu o dane RRBS-Seq - programy Bismarck
    i bsmap.
  • ChIP-Seq: Nauczymy się wykrywać miejsca wiązania białek (MACS) i modyfikacji histonów (SICER), a także porównywać wyniki między próbkami (ChIPDiff).
  • CLIP-Seq: Omówimy narzędzia do analizy danych CLIP-Seq - Pyicoteo i Piranha.


 

Dzień pierwszy: część II

Poruszymy następujące zagadnienia:
  • Przypisywanie analizowanych rejonów (rejonów metylacji, wiązania białek etc.) do znanych genów (BEDTools).
  • Wyszukiwanie i analiza motywów sekwencyjnych (MEME), tworzenie loga sekwencji (WebLogo).
  • Wizualizacja danych (IGV).


 

Dzień drugi: część I

  • Bazy danych: Omówimy reprezentatywne bazy danych mikroRNA i innych regulatorowych RNA.
  • Identyfikacja mikroRNA: Będziemy szukać mikroRNA w oparciu o różne strategie. Wykorzystamy
    m.in. programy: microPred, HuntMi i miRDeep.


 

Dzień drugi: część II

  • Sekwencje docelowe mikroRNA: Nauczymy się identyfikować sekwencje docelowe in silico, jak również
    z wykorzystaniem bibliotek degradomowych.
  • Identyfikacja innych małych regulatorowych RNA: Wykorzystamy programy PAREsnip i ShortStack
    do scharakteryzowania transkryptomu małych RNA u Arabidopsis thaliana.


 

Zachęcamy do rejestrowania się. Koszt uczestnictwa wynosi 700 zł dla osób finansowanych przez jednostki naukowe/edukacyjne oraz 700 zł + VAT (861 zł) dla pozostałych osób.
Od uczestników kursu nie jest wymagana umiejętność programowania.
Informacje organizacyjne można znaleźć na stronie FAQ.

Newsletter