Rozwój technik biologii molekularnej zunifikował, przyśpieszył i ułatwił pracę botaników i zoologów. Obecnie u oparciu o sekwencję ITS1 i ITS2 u grzybów, rbcL i matK u roślin oraz genu I podjednostki oksydazy cytochromowej (COI) możliwa jest identyfikacja gatunku, od którego została pobrana próbka tkanki (barkoding DNA). Barkoding DNA pozwala precyzyjnie identyfikować gatunek niezależnie od płci i stadium rozwoju osobnika jak również pozwala na identyfikację do jakiego gatunku należą znalezione pióra, sierść i inne materiały biologiczne.
Celem niniejszego kursu jest praktyczne zapoznanie uczestników z barkodingiem DNA oraz innymi metodami stosowanymi do identyfikacji gatunków. Podczas kursu uczestnicy będą mogli zapoznać się z molekularnymi metodami identyfikacji gatunków oraz konsultować z prowadzącymi swoje problemy metodologiczne z zakresu biologii molekularnej. Mamy nadzieję, że tegoroczny kurs będzie okazją do pogłębienia teoretycznej i praktycznej wiedzy z technik molekularnych oraz stworzy możliwość kontaktu osób z różnych środowisk.
|
Dzień 1 |
|
|
09:00 – 09:15 |
Otwarcie Kursu |
|
09:15 – 10:15 |
Metody izolacji DNA – wykład I |
|
10:15 – 10:45 |
Izolacja DNA z grzybów i roślin– ćw. 1 |
|
10:45 – 11:00 |
Przerwa kawowa |
|
11:00 – 11:15 |
Przygotowanie żelu agarozowego |
|
11:15 – 11:45 |
Spektrofotometryczny pomiar ilości oraz ocena czystości DNA (Nanodrop) – ćw. 2 |
|
11:45 – 12:15 |
Ocena jakości DNA. Elektroforeza, analiza w GelDoc – ćw. 3 |
|
12:15 – 13:15 |
Podstawy techniki PCR – wykład II |
|
13:15 – 13:30 |
Amplifikacja markera taksonomicznego ITS1, NAD1 – ćw. 4 |
|
13:30 – 14:00 |
Przerwa |
|
14:00 – 15:00 |
Molekularne metody identyfikacji gatunków – wykład III |
|
15:00 – 15:30 |
Oczyszczanie DNA po reakcji PCR, przygotowanie materiału do sekwencjonowania – ćw. 5 |
|
Dzień 2 |
|
|
09:30 – 10:00 |
Direct PCR - PCR bez wydzielania DNA, nastawienie reakcji PCR – ćw. 7 |
|
10:00 – 11:00 |
Barcoding DNA – wykład IV |
|
11:00 – 11:30 |
Przerwa kawowa |
|
11:30 – 12:30 |
Identyfikacja gatunku na podstawie sekwencji DNA, demo/ćwiczenie na własnym laptopie – ćw. 8 |
|
12:30 – 12:45 |
Direct PCR - PCR bez wydzielania DNA, elektroforeza – cd ćw. 7 |
|
12:45 – 13:15 |
Deponowanie sekwencji DNA w GenBank, demo/ćwiczenie na własnym laptopie – cd ćw. 8 |
|
13:15 – 13:30 |
Direct PCR, interpretacja wyników – cd ćw. 7 |
|
13:30 – 14:30 |
Zastosowanie metod molekularnych w leśnictwie – wykład V |
|
14:30 |
Zakończenie kursu |
