Program warsztatów obejmuje przegląd metod stosowanych od odczytu sekwencji DNA (sequence read) w aparacie, ocenie jej jakości do ułożenia w całość (contig construction, scaffolding). Podczas kursu uczestnicy będą mogli zapoznać się praktycznie z edycją i składaniem sekwencji jak również skonsultować z prowadzącą swoje problemy metodyczne z zakresu sekwencjonowania DNA.
|
09:00 – 09:15 |
Otwarcie kursu |
|
09:15 – 10:45 |
Interpretacja wyników sekwencjonowania. Analiza chromatogramów prawidłowych oraz złej jakości, których podstawą jest mała liczba kopii DNA, degradacja matrycy, kontaminacja – wykład I |
|
10:45 – 11:00 |
Przerwa |
|
11:00 – 12:15 |
Edycja, składanie oraz określanie konsensusowej sekwencji DNA. Wykorzystanie programów BioEdit, FinchTV, MEGA5 – ćwiczenie 1 |
|
12:15 – 13:30 |
Zasady tworzenia alignmentu. Prawidłowa interpretacja miejsc polimorficznych (SNP) w przypadku markerów jądrowych oraz mitochondrialnych – ćwiczenie 2 |
|
13:30 – 13:45 |
Przerwa |
|
13:45 – 14:45 |
Przyczyny problemów z PCR sekwencyjnym. Sposoby eliminowania niespecyficznych produktów PCR – wykład II |
|
14:45 – 16:00 |
Zmiana metodyki sekwencjonowania w zależności od otrzymanych wyników. Zasady wyboru starterów, rodzaju polimerazy, zastosowanie tzw. wzmacniaczy reakcji PCR – wykład III |
|
16:00 |
Zakończenie kursu |
