Bioconductor: wprowadzenie do analizy danych z zakresu genomiki

Data rozpoczęcia 2017-01-21 Bioconductor: wprowadzenie do analizy danych z zakresu genomiki
Data zakończenia 2017-01-22
Organizator ideas4biology Sp. z o.o.
Miejsce Wydział Biologii UAM w Poznaniu
Link do strony http://ideas4biology.com/pl/kurs_21-22_01_2017.php
Email rekrutacji office@ideas4biology.com
Dodaj do kalendarza Ical_outlook Google_calendar
Treść

Kurs odbędzie się w dniach 21-22 stycznia 2017 r. na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu (ul. Umultowska 89).

 

Zachęcamy do rejestrowania się. Koszt uczestnictwa wynosi 700 zł.
Kurs poprowadzi dr hab. Tomasz Górecki z Wydziału Matematyki i Informatyki Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.
Informacje organizacyjne można znaleźć na stronie FAQ.

 

 

Jakie zagadnienia zostaną omówione i przećwiczone?
  1. Co to jest BioconductoR?
  2. Instalacja. Użyteczne zasoby internetowe.
  3. BioconductoR dla danych genomicznych:
    • Przechowywanie interwałów genomowych: GRanges i IRanges - biblioteka IRanges.
    • Sekwencje (DNA, RNA i białka) - biblioteka Biostrings.
    • Genom - biblioteka BSgenome.
    • Import danych - biblioteka rtracklayer.
    • Adnotacje. Klasa ExpressionSet.
    • Biomart - interfejs do danych biologicznych - biblioteka biomaRt.
    • oligo - pakiet do pracy z mikromacierzami Affymetrix oraz Nimblegen.
    • limma - pakiet do pracy z danymi RNA-seq.
  4. Laboratorium - podstawy BioconductoRa.
  5. Laboratorium - BioconductoR dla średnio zaawansowanych.
  6. Studium przypadku - analiza danych 450k z pomocą pakietu minfi; analiza danych RNA-seq.


 

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?
Kurs jest przeznaczony dla biologów, biotechnologów oraz bioinformatyków (ale nie tylko), którzy planują analizować dane genomiczne, głównie mikromacierzowe i pochodzące z sekwencjonowania nowej generacji (np. RNA-seq). Wszystkie zagadnienia są bogato ilustrowane przykładami w R. Jest to kurs praktyczny z dużym naciskiem na to, aby uczestnicy samodzielnie byli w stanie przeprowadzić odpowiednie analizy, bazując na przedstawianych solidnych podstawach teoretycznych.


 

Jakie będą efekty?
Po zakończeniu kursu uczestnik powinien poradzić sobie z instalacją oraz wykorzystaniem repozytorium Bioconductor do analizy danych genomicznych za pomocą środowiska R. Powinien również umieć zinterpretować uzyskane wyniki. Poza tym powinien rozumieć idee reprezentacji danych genomicznych w R.


 

Czy sobie poradzisz? Na pewno!
Wymagana i wskazana jest podstawowa znajomość środowiska R.
Współpracujemy z: grey_thumb_enzym-01 grey_thumb_Bez_tytu_u grey_thumb_logo_lab-jot grey_thumb_Maximus_4_rgb grey_thumb_amara-logo-male grey_thumb_avantor-logo-warren-cc grey_thumb_Logotyp_WPT_-_wersja_pozioma-pol grey_thumb_IMCD_Logo_2015_Color_cmyk_300dpi_5cm-3