Sekwencjonowanie genomu jest dopiero początkiem zrozumienia podstaw funkcjonowania organizmu na poziomie molekularnym. Kolejnym etapem w rozszyfrowywaniu genomu jest odnalezienie w nim sekwencji kodujących białka oraz RNA nie kodujących białek (miRNA, ncRNA, lcnRNA i inne) a następnie przewidzenie ich funkcji w organizmie. Transkrypcja genów jest regulowana przez wiele czynników, część z nich można zidentyfikować stosując analizę sekwencji DNA in silico. Funkcja genów jest często ewolucyjnie konserwatywna. Porównanie annotacji ortologicznych genów u różnych organizmów jest dobrym podejściem do przewidzenia funkcji genu. Można to zrobić poprzez porównanie sekwencji DNA i/lub białek lub metodami ab initio poprzez wyszukiwanie charakterystycznych elementów strukturalnych i sygnałów molekularnych.
I dzień |
|
09:00 – 09:10 |
Otwarcie szkolenia |
09:10 – 10:30 |
Annotacja sekwencji DNA - wykład |
10:30 – 11:30 |
Programy do annotacji sekwencji DNA - wykład |
11:30 – 11:45 |
Przerwa |
11:45 – 12:45 |
Annotacja sekwencji DNA eukariota, znajdowanie sekwencji kodujących (programy AUGUSTUS, GeneID, GBF) - ćwiczenie |
12:45 – 13:45 |
Identyfikacja genów, których ekspresja może być regulowana przez miRNA (ComiR, miRmap) - ćwiczenie |
13:45 – 14:15 |
Przerwa |
14:15 – 15:15 |
Znajdowanie promotorów RNA polimerazy II i III typu, wysp CpG, miejsc poliadenylacji - ćwiczenie |
15:15 – 16:15 |
Annotacja sekwencji białek - wykład |
II dzień |
|
09:00 – 10:30 |
Transkrypcja, regulacyjne rejony genów i ich struktura - wykład |
10:30 – 11:30 |
Programy i metody bioinformatycznej analizy transkrypcji - wykład |
11:30 – 11:45 |
Przerwa |
11:45 – 13:00 |
Identyfikacja miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w promotorach - ćwiczenie |
13:00 – 15:00 |
Annotacja sekwencji białek - ćwiczenie |
15:00 |
Zakończenie szkolenia |
Prowadzący: Dr hab. Tadeusz Malewski
Termin: 6 – 7 marca 2015 roku
Miejsce: BIT Polska, ul. Ostrobramska 101A, Warszawa
Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 27 lutego 2015 r.
Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.
Dodatkowych informacji udziela:
Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 401 10 38; 607 929 471
Opłata za udział w kursie wynosi 1420 zł brutto.
Opłata obejmuje: