Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu

Farmacja, Biotechnologia, Kosmetologia

Analiza danych RNAseq, mikromacierzy oligonukleotydowych oraz CAGE
Data rozpoczęcia:
2016-06-10
Data zakończenia:
2016-06-11
Miejsce
Warszawa

Tematem wiodącym warsztatów będzie analiza transkrypcji genów z wykorzystaniem danych RNAseq, mikromacierzy oligonukleotydowych oraz CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)

 

Tematyka warsztatów obejmuje:

Wpływ zróżnicowania technologii na akwizycję i analizę danych

Pochodzenie błędów systemowych i konieczność normalizacji danych

Next generation sequencing – analiza transkryptomu, RNAseq, CAGE i SAGE:

                        akwizycja i filtracja danych

                        metody normalizacji danych i raportowanie wyników oznaczeń bezwzględnych

 

Mikromacierze – transkryptomika – analiza danych:

            short oligonucleotide arrays vs. long oligonucleotide arrays

            Specyfika algorytmów do analizy danych

przetwarzanie danych (algorytmy analizy obrazu: identyfikacja punktów hybrydyzacji, korekcja tła)

                        filtrowanie danych (algorytmy normalizacji, transformacji i reskalowania)

analiza statystyczna (T-Test dla mikromacierzy, analiza bayesowska mikromacierzy, korekcja istotności statystycznej pod względem wyników fałszywie pozytywnych)

 

Interpretacja wyników:

Identyfikacja i analiza ścieżek sygnałowych, metabolicznych, procesów biologicznych i zależności strukturalnych

            wektory ekspresji genów i metody pomiaru dystansu pomiędzy wektorami

            algorytmy klastrowania i metody pomiaru dystansu pomiędzy klastrami

 

Praktyczne wykorzystanie baz danych mikromacierzy i NGS:

            Przegląd baz i narzędzi on-line (COSMIC, Cytoscape, Enrich, GeneMANIA, ZENBU)

            GEO – Gene Expression Omnibus – narzędzia analizy on-line

TCGA – The Cancer Genome Atlas- narzędzia do analizy on-line (cBioPortal i Firehose)

GenePattern – uniwersalny zestaw algorytmów do analizy mikromacierzy, NGS, spektrometrii masowej, cytometrii przepływowej i wielu innych metod....

 

Prowadzący:  Prof. Andrzej Bednarek, dr hab. Tadeusz Malewski

 

Miejsce:  Warszawa

 

Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 4 czerwca 2016 r.

 

Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.

                                                                      

Dodatkowych informacji udziela:

 

Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83;  607  929 471

Newsletter