Tematem wiodącym warsztatów będzie analiza transkrypcji genów z wykorzystaniem danych RNAseq, mikromacierzy oligonukleotydowych oraz CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)
Tematyka warsztatów obejmuje:
Wpływ zróżnicowania technologii na akwizycję i analizę danych
Pochodzenie błędów systemowych i konieczność normalizacji danych
Next generation sequencing – analiza transkryptomu, RNAseq, CAGE i SAGE:
akwizycja i filtracja danych
metody normalizacji danych i raportowanie wyników oznaczeń bezwzględnych
Mikromacierze – transkryptomika – analiza danych:
short oligonucleotide arrays vs. long oligonucleotide arrays
Specyfika algorytmów do analizy danych
przetwarzanie danych (algorytmy analizy obrazu: identyfikacja punktów hybrydyzacji, korekcja tła)
filtrowanie danych (algorytmy normalizacji, transformacji i reskalowania)
analiza statystyczna (T-Test dla mikromacierzy, analiza bayesowska mikromacierzy, korekcja istotności statystycznej pod względem wyników fałszywie pozytywnych)
Interpretacja wyników:
Identyfikacja i analiza ścieżek sygnałowych, metabolicznych, procesów biologicznych i zależności strukturalnych
wektory ekspresji genów i metody pomiaru dystansu pomiędzy wektorami
algorytmy klastrowania i metody pomiaru dystansu pomiędzy klastrami
Praktyczne wykorzystanie baz danych mikromacierzy i NGS:
Przegląd baz i narzędzi on-line (COSMIC, Cytoscape, Enrich, GeneMANIA, ZENBU)
GEO – Gene Expression Omnibus – narzędzia analizy on-line
TCGA – The Cancer Genome Atlas- narzędzia do analizy on-line (cBioPortal i Firehose)
GenePattern – uniwersalny zestaw algorytmów do analizy mikromacierzy, NGS, spektrometrii masowej, cytometrii przepływowej i wielu innych metod....
Prowadzący: Prof. Andrzej Bednarek, dr hab. Tadeusz Malewski
Miejsce: Warszawa
Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 4 czerwca 2016 r.
Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.
Dodatkowych informacji udziela:
Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83; 607 929 471