Istnieje zagrożenie krzyżowania się roślin GMO z pokrewnymi chwastami i tworzenia tzw. superchwastów, które niszczą naturalne ekosystemy. Transgeniczne rośliny poprzez nasiona i pyłek zanieczyszczają inne rośliny oraz wydzielają toksyny do gleby. Stwierdzono, że na dużą skalę dochodzi do krzyżowania między roślinami GMO a konwencjonalnymi. Uprawa roślin GMO powoduje gwałtowny wzrost użycia szkodliwych środków ochrony roślin.

Zgodnie z unijnym prawem dopuszcza się możliwość obecności GMO w zbiorach niemodyfikowanych genetycznie na poziomie 0,9 procent. Poziom ten jest uznany za bezpieczny.
Istnieją metody zapobiegania niekontrolowanemu rozprzestrzenianiu się roślin GMO:
1) Bariery fizyczne - szklarnie, w warunkach polowych gęste obsadzenie pola uprawnego wysokimi drzewami.
2) Bariery biologiczne ograniczające przepływ genowy - istnieje osiem podstawowych technik molekularnych do tego celu- większość z nich prowadzi do sterylności i ograniczenia procesów związanych z przekazywaniem genów. Inne zaś produkują martwe, nieaktywne pyłki.
Krzyżowanie międzygatunkowe zdarza się niezwykle rzadko, ale potencjalnie taka możliwość istnieje. Chwasty są już od dawna superchwastami. Ich podwyższona odporność jest efektem stosowania w ogromnej ilość środków ochrony roślin. Użycie GMO pozwala na ograniczenie nawet o o 80%, stosowania środków chemicznych. Oddziaływanie danego genu jest z całą pewnością bardziej przewidywalne niż niekontrolowane rozprzestrzenianie chemicznych środków ochrony roślin w środowisku naturalnym.


Techniki stosowane przez inżynierię genetyczną są przestarzałe i niedokładne. Naukowcy posiadają nadal niewielką wiedzę na temat funkcjonowania genów. Metody stosowane przez inżynierię genetyczną można porównać do wstawiania wirusa do systemu komputerowego. Nie wiadomo, gdzie faktycznie dany gen zostanie umiejscowiony i jak będzie się replikował. Za pomocą technik laboratoryjnych tworzy się organizmy, które nigdy samoistnie nie pojawiłyby się w naturze.

Mechanizmy funkcjonowania genów są znane na tyle, aby możliwa była bezpieczna praca z ich zastosowaniem. Metody stosowane przy modyfikacjach genetycznych są bardzo dokładne i precyzyjne. Istniejące mapy genomu pozwalają bardzo dokładnie przewidzieć miejsce włączenia nowego genu do modyfikowanego genomu. Znanych jest wiele metod wpływania na ekspresję i replikację genu - poprzez jego położenie w genomie oraz wpływ substancji egzogennych. Porównanie do wirusa komputerowego jest nie na miejscu, ponieważ wirusy komputerowe namnażają się i rozprzestrzeniają w sposób niekontrolowany, w większości przypadków prowadząc do poważnych zniszczeń w systemie. Założeniem modyfikacji genetycznych jest stworzenie organizmu zawierającego jeden lub więcej genów normalnie nie występujących w danym gatunku.


Uprawa GMO na wielką skalę spowoduje zwiększenie problemu głodu na świecie na skutek uzależnienia od wielkich korporacji i konieczności kupowania licencji na korzystanie z nasion. Problem leży nie w brakach żywności, lecz w niewłaściwej dystrybucji.

Modyfikacje genetyczne mogą przyczynić się do stworzenia odmian, które lepiej tolerują ekstremalne warunki uprawy - suszę, zasolenie, glebę ubogą w substancje odżywcze, przez co nadają się one do uprawy w rejonach świata najbardziej dotkniętych głodem. Transportowanie żywności z regionów posiadających nadprodukcję do miejsc niedoborów może być znacznie mniej opłacalne ekonomicznie niż lokalna produkcja pożywienia.
Jako przykład przyczyniania się techniki do zwalczania głodu można podać tzw. złoty ryż (Golden Rice) - oprócz zwiększonej ilości plonów, w jego ziarnach produkowany jest b-karoten, który w organizmie człowieka przekształcany jest w witaminę A. Tym samym może on zapobiegać dziecięcej ślepocie, powszechnej w niedożywionej Azji. Mimo że ziarna oferowane są za darmo, obsesyjna działalność przeciwników GMO powoduje brak akceptacji dla tego typu rozwiązań.