Białko Ying Yang 1 jest czynnikiem wpływającym na ekspresję szeregu genów uczestniczących w kluczowych procesach komórkowych, również tych, związanych z groźnymi chorobami i zakażeniami wirusowymi. W zależności od rozpoznawanych sekwencji promotorowych i obecności dodatkowych czynników białko YY1 może pełnić funkcje aktywatora, represora lub inicjatora transkrypcji. Aktywność transkrypcyjna białka YY1 może być regulowana poprzez modyfikacje potranslacyjne związane z fosforylacją, glikozylacją lub acetylacją białka. Uważa się, iż główny mechanizm regulacji transkrypcji genów przez białko YY1 polega na jego oddziaływaniu z jednej strony ze specyficznymi sekwencjami DNA, z drugiej zaś strony z głównymi czynnikami transkrypcyjnymi, takimi jak białka TFIIB, TBP, czynnikami TAFs oraz z polimerazą RNA II. Pomimo wielu badań molekularny mechanizm działania białka YY1 nie jest wystarczająco poznany, przede wszystkim z powodu braku dokładnych ilościowych pomiarów opisujących w/w oddziaływania.
Prowadzone przez grupę badania mają udzielić odpowiedzi na pytanie czy różne sekwencje promotorowe DNA mogą pełnić funkcje czynników allosterycznych, wpływających na zmianę powinowactwa YY1 do różnych białek regulatorowych, w tym przede wszystkim do białka TFIIB oraz czy modyfikacje potranslacyjne YY1 wpływają na tworzenie kompleksów YY1-DNA i YY1-TFIIB.
Projekt zakłada przeprowadzenie pomiarów pozwalających ilościowo określić zarówno energetykę oddziaływań DNA-YY1, YY1-TFIIB oraz YY1-DNA-TFIIB, jak i kinetykę tych oddziaływań. W badaniach wykorzystane zostaną dzikie formy białek YY1 i TFIIB oraz szereg ich mutantów wyprodukowanych w E. coli a także białko YY1 modyfikowane in vitro poprzez fosforylację i przyłączanie reszt N-acetyloglukozoaminy. Wykonane zostaną także badania umożliwiające określenie wpływu sekwencji aktywatorowych, represorowych i inicjatorowych DNA na strukturalne zmiany w poszczególnych domenach białka YY1. Badania te przeprowadzone zostaną w oparciu o stacjonarne i rozdzielcze w czasie fluorescencyjne pomiary jednotryptofanowych mutantów białka YY1 a także specyficznie znakowanych białek YY1, TFIIB oraz odcinków DNA. Dodatkowo oddziaływania pomiędzy YY1 a TFIIB (oraz szeregiem mutantów TFIIB) będą monitorowane za pomocą zjawiska FRET w komórkach HEK 293. W tym celu badane białka zostaną zfuzjowane z mutantami GFP (CFP i YFP).
Na podstawie materiałów Zakładu Biochemii Fizycznej UJ
Prowadzone przez grupę badania mają udzielić odpowiedzi na pytanie czy różne sekwencje promotorowe DNA mogą pełnić funkcje czynników allosterycznych, wpływających na zmianę powinowactwa YY1 do różnych białek regulatorowych, w tym przede wszystkim do białka TFIIB oraz czy modyfikacje potranslacyjne YY1 wpływają na tworzenie kompleksów YY1-DNA i YY1-TFIIB.
Projekt zakłada przeprowadzenie pomiarów pozwalających ilościowo określić zarówno energetykę oddziaływań DNA-YY1, YY1-TFIIB oraz YY1-DNA-TFIIB, jak i kinetykę tych oddziaływań. W badaniach wykorzystane zostaną dzikie formy białek YY1 i TFIIB oraz szereg ich mutantów wyprodukowanych w E. coli a także białko YY1 modyfikowane in vitro poprzez fosforylację i przyłączanie reszt N-acetyloglukozoaminy. Wykonane zostaną także badania umożliwiające określenie wpływu sekwencji aktywatorowych, represorowych i inicjatorowych DNA na strukturalne zmiany w poszczególnych domenach białka YY1. Badania te przeprowadzone zostaną w oparciu o stacjonarne i rozdzielcze w czasie fluorescencyjne pomiary jednotryptofanowych mutantów białka YY1 a także specyficznie znakowanych białek YY1, TFIIB oraz odcinków DNA. Dodatkowo oddziaływania pomiędzy YY1 a TFIIB (oraz szeregiem mutantów TFIIB) będą monitorowane za pomocą zjawiska FRET w komórkach HEK 293. W tym celu badane białka zostaną zfuzjowane z mutantami GFP (CFP i YFP).
Na podstawie materiałów Zakładu Biochemii Fizycznej UJ
KOMENTARZE