Czy odpowiednie ukształtowanie, rowki i zakręty niekodujących fragmentów helisy DNA mogą dawać wskazówki co do przeznaczenia konkretnych sekwencji? - na to pytanie trzeba szukać odpowiedzi w nowej publikacji w NewScientist. Zespół uczonych pod kierownictwem Thomasa Tulliusa z Boston University postanowił sprawdzić, czy kształt konkretnych sekwencji może być związany z ich funkcją. Pomysł na tego typu badania wziął się z faktu, że istnieje wiele chemicznie do siebie bardzo zbliżonych fragmentów sekwencji, które mimo to mają odmienne kształty. Istnieją również takie, gdzie zupełnie odmienne fragmenty DNA wyglądają podobnie. Spośród całej sekwencji ludzkiego genomu tylko 2% koduje informacje na temat budowy białek. Pozostałe 98% pełni funkcje regulatorowe, takie jak np. kontrolowanie ekspresji genów poprzez włączanie bądź wyłączanie ich aktywności. Jak do tej pory odpowiedzi na pytanie, jaką funkcję pełnią poszczególne fragmenty, poszukiwano poprzez porównanie obszarów genomu z sekwencjami pochodzącymi od różnych organizmów. Wiemy, że szczególnie chronione i konserwowane są te sekwencje, które pełnią istne role w regulacji ekspresji genów. Autorzy publikacji posłużyli się specjalnym programem komputerowym, aby przewidzieć zewnętrzny kształt genomu na podstawie ułożenia jego nukleotydów. Porównali uzyskane wyniki pochodzące od człowieka i 36 innych ssaków i okazało się, że podobieństwo kształtu jest aż o 50% większe od podobieństwa sekwencji. Naukowcy tłumaczą to faktem, że określony kształt konkretnego obszaru może być determinowany przez sposób łączenia się z nim białek regulujących jego ekspresję.


www.NewScientist.com 23/03/2009