Biotechnologia.pl
łączymy wszystkie strony biobiznesu
Leki przyszłości z grantów ERC. O bioinformatycznym rewolucjonizowaniu nauki opowiada prof. Janusz Bujnicki
04.04.2013
Leki przyszłości z grantów ERC. O bioinformatycznym rewolucjonizowaniu nauki opowiada prof.
Bioinformatyka to interdyscyplinarna dziedzina nauki, która rozwija i ulepsza metody przechowywania, wyszukiwania, porządkowania oraz analizowania danych biologicznych. Jednym z bardziej znanych polskich bioinformatyków jest prof. Janusz Bujnicki, kierownik Laboratorium Bioinformatyki i Inżynierii Białka w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, a także prezes Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego.  Badania prowadzone pod przewodnictwem prof. Janusza Bujnickiego mają na celu opracowanie leków przyszłości.

Janusz Bujnicki poprzez swoją działalność udowadnia, iż połączenie wrodzonego talentu i ciężkiej pracy stanowi receptę na sukces. Jednakże Bujnicki, jak sam wielokrotnie przyznawał, nie od zawsze marzył o karierze naukowca. Zmiana priorytetów nastąpiła po tym jak, w jego ręce trawił zestaw „młodego chemika”. Później wszystko potoczyło się już błyskawicznie. Dosłownie, ponieważ Bujnicki w 15 lat po maturze otrzymał tytuł profesora belwederskiego, stając się tym samym jednym z najmłodszych profesorów w historii polskiej nauki.

Profesor Bujnicki jest również zdobywcą dwóch grantów przyznanych przez Radę ds. Badań Naukowych (European Research Council – ERC). W Unii Europejskiej ERC jest pierwszą organizację finansującą badania o charakterze pionierskim.

W rozmowie z naszym portalem prof. Janusz Bujnicki opowiada czym jest dla niego bioinformatyka i dlaczego stanowi ważną dziedzinę nauki. Diagnozuje także przyczyny problemu polskich naukowców z pozyskiwaniem grantów ERC oraz podpowiada jak efektywnie zdobyć takie finansowanie. Profesor zdradza również kilka szczegółów dotyczących swoich badań nad lekami przyszłości.

 

Biotechnologia.pl: Jest Pan specjalistą w stosunkowo młodej dziedzinie jaką jest bioinformatyka. Jak zaczęła się Pańska przygoda z bioinformatyką?

prof. Janusz Bujnicki: Kiedy miałem około pięciu lat, dostałem ilustrowaną książkę popularnonaukową dla dzieci, w której moje oczy przykuł rysunek przedstawiający schematycznie budowę atomu oraz jak atomy tworzą materię. To był prawdopodobnie mój pierwszy kontakt z „modelowaniem” cząsteczek. Potem w szkole podstawowej zafascynowała mnie biochemia i gry komputerowe. Suma tych zainteresowań zaprowadziła mnie do bioinformatyki...

Dlaczego bioinformatyka to ważna gałąź nauk biologicznych?

Nie jestem pewien, czy bioinformatyka to gałąź, ani czy należy do nauk biologicznych. Powiedziałbym raczej, że bioinformatyka to pnącza, które spinają wiele gałęzi, w tym przede wszystkim biologię, informatykę, fizykę, chemię, statystykę, medycynę i sięgają do wielu innych dziedzin. A ważna jest dlatego, że umożliwia odkrywanie tam, gdzie poszczególne dyscypliny samodzielnie nie potrafiły wcześniej dotrzeć.

Jak w Pańskiej opinii - prezesa Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego i kierownika Laboratorium Bioinformatyki i Inżynierii Białka w IIMCB - popularna jest w Polsce bioinformatyka?

Obecnie w Polsce jest około 200-300 bioinformatyków (doktorantów oraz naukowców ze stopniem doktora lub wyżej, którzy sami mogliby określić się tym mianem) i kilkuset studentów na kierunkach „bioinformatyka” licznych polskich uczelni. To nie jest jeszcze wielka liczba, ale dość szybko rośnie. Wydaje mi się, że popularność bioinformatyki wśród młodzieży jest związana przede wszystkim z dynamiką tej dyscypliny: to co w bioinformatyce wczoraj było nowością, dzisiaj może być już przestarzałe. Niewiele dyscyplin naukowych może zaoferować tak zawrotne tempo postępu i tak gwałtowne zmiany tego co jest modne lub niemodne.

prof. Janusz Bujnicki. / fot. Michał Bazała

Jest Pan zdobywcą dwóch grantów ERC przyznawanych przez Europejską Radę ds. Badań Naukowych. Można powiedzieć, że dość wyraźnie przetarł Pan szlak polskim naukowcom. Czy nie uważa Pan, że polscy naukowcy na tle krajów zachodnich wypadają blado jeżeli chodzi o przyznawanie takich grantów? W czym tkwi problem?

ERC finansuje projekty odważne i wiarygodne zarazem – takie, których realizacja może w istotny sposób przyczynić się do rozwoju nauki, ale w których propozycja badań nie będzie wyglądać na czczą obietnicę. Żeby zdobywać prestiżowe granty, trzeba umieć pisać wnioski grantowe, nie tylko do konkursów takich jak te oferowane przez ERC, ale w ogóle jakiekolwiek. Tymczasem przeciętny poziom wniosków grantowych składanych np. do polskiego Narodowego Centrum Nauki jest słaby. Wiele wniosków polskich badaczy nie stawia odważnych pytań badawczych, a zamiast tego prezentuje postawę „zajmowaliśmy się czymś przez ostatnich 20 lat, więc oczywiste jest, że zamierzamy to kontynuować, dlaczego mielibyśmy wymyślać coś nowego?”. Często wnioski napisane są chaotycznie i niezrozumiale, zawierają niepotrzebne skróty myślowe i opierają się na założeniu, że jeżeli coś jest oczywiste dla autora, to wszyscy powinni od razu wiedzieć o co mu chodzi. W dobrym wniosku już po przeczytaniu pierwszych trzech zdań nawet dla niespecjalisty powinno być jasne na czym polega analizowany problem, jak wnioskodawca proponuje go rozwiązać i jaki będzie efekt tzn. co z tego wyniknie dla świata. Poza tym polscy autorzy grantów zbyt często obrażają się na recenzentów albo wietrzą teorie spiskowe tam, gdzie ich nie ma, a zbyt rzadko przyznają się do swoich własnych słabości. Bardzo czesto słyszę uwagi w stylu: „recenzent napisał, że czegoś nie ma w moim wniosku, a ja to przecież wyraźnie napisałem - to znaczy, że recenzent jest idiotą, albo to jakiś mój złośliwy konkurent, członkowie panelu też nie zweryfikowali błędnej opinii recenzenta, czyli na pewno są z nim w spisku, czyż nie jest to dowodem na to, że cały ten system jest totalnie skorumpowany?”. Czasami przydarzają się recenzje, w których trudno doszukać się profesjonalizmu albo dobrej woli, ale nawet z najgorszych komentarzy można wyciągnąć konstruktywne wnioski, w oparciu o które można spróbować poprawić projekt tak, żeby w kolejnym podejściu zwiększyć jego szansę na sfinansowanie. Czasami wystarczy dopuścić do siebie myśl, że opisaliśmy coś niewystarczająco zrozumiale albo, że nie umieściliśmy rysunku ilustrującego jakiś specjalistyczny proces lub ważną informację i że to właśnie dlatego wszyscy to przeoczyli... Nie warto się załamywać, trzeba po prostu poprawić wniosek tak, żeby następnym razem recenzeci nie mieli się do czego przyczepić - i złożyć go ponownie. A najlepiej przed wysłaniem wniosku dać go do przeczytania znajomemu z nieco innej dyscypliny, który będzie mógł bezstronnie ocenić, czy nasz wniosek jest odpowiednio jasno napisany, czy dotyczy zagadnienia, którego waga jest oczywista także dla niespecjalistów i czy proponowane przez nas rozwiązanie problemu wydaje się możłiwe do zrealizowania. Ja sam chętnie pomagam znajomym w redagowaniu ich wniosków grantowych jak i poddaję moje pomysły ich krytycznej recenzji. Chciałbym też dodać, że jeżeli proponowany projekt ma obejmować pracę zespołową, to najlepiej, żeby zaczęła się już ona na etapie przygotowywania wniosku grantowego. Oba kierowane przeze mnie granty ERC zostały napisane ze znaczącym udziałem współpracowników – część badawcza „Grantu Startowego” została stworzona z udziałem członków mojego zespołu, a plan komercjalizacji wyników w grancie „Dowód Koncepcji” nie powstałby bez udziału specjalistów od takich przedsięwzięć.

Co jak dotąd udało się Panu sfinansować dzięki przyznanym grantom?

W badaniach naukowych najważniejsi są ludzie. Nie da się zrealizować żadnych badań mając do dyspozycji puste pomieszczenia, sprzęt, który służy tylko do zbierania kurzu i odczynniki, które nie zostaną użyte zgodnie z przeznaczeniem. Dlatego większość dostępnych mi funduszy przeznaczam na zatrudnienie naukowców, głownie na wczesnym etapie kariery: doktorantów i osob, które niedawno obroniły doktorat. Cieszy mnie wspópraca z dynamicznymi i kreatywnymi osobami, które nie tylko potrafią wykonać postawione im zadania, ale także mają własne pomysły, dzięki którym badania realizowane przez mój zespół znacząco wykraczają poza to, co ja sam mógłbym wymyśleć. Oczywiście sprzęt i odczynniki też kupujemy z grantów. W moim laboratorium panuje teraz ścisk, ale codziennie pojawiają się nowe pomysły, a moi współpracownicy codziennie rozmawiają ze mną o nowych wynikach.

Prowadzi Pan zaawansowane badania nad RNA. Wiele ośrodków i naukowców na świecie zajmuje się tą tematyką. Jednak to Pański projekt otrzymał finansowanie w ramach ERC Starting Grant. Czym wyróżnił się spośród innych?

Mój grant był prawdopodobnie jednym z pierwszych, w którym zaproponowane zostało zastosowanie do analizy RNA algorytmów i metod opracowanych wcześniej dla białek. Do tej pory moja grupa odnosiła duże sukcesy w analizach struktur białek i sądzę, że wiarygodnie uzasadniłem dlaczego warto spróbować w podobny sposób badań sekwencje i struktury cząsteczek RNA. Poza tym mój projekt łączy badania teoretyczne i doświadczalne, co nie jest częste, a co ma duży potencjał do wygenerowania synergii.

Obszar Pańskich zainteresowań nakierowany jest na głębsze poznanie struktury RNA, dzięki wykorzystaniu technologii bazujących na nowych, specyficznych enzymach restrykcyjnych. Czy mógłby Pan zdradzić szczegóły działania takiej technologii?

Prowadzone przez moją grupe badania obejmują analizy RNA wykonywane z użyciem wielu różnorodnych metod. „Enzymy restrykcyjne dla RNA” to technologia, która dopiero zaczęła się rodzić i na razie jest na bardzo wczesnym etapie – to na razie bardziej wynik relizowanych przez mój zespół badań niż podstawa do prowadzenia nowych doświadczeń. W skrócie – stosując połączenie metod bioinformatyki i doświadczalnej inżynierii białek udało się nam uzyskać takie enzymy, które w specyficzny sposób rozpoznają konkretne sekwencje w RNA i „przecinają” te cząsteczki tylko w tych charakterystycznych miejscach. Ponad pół wieku temu odkryto enzymy, które wykazywały podobne własności względem cząsteczek DNA. Ich zastosowanie w praktyce doprowadziło do prawdziwej rewolucji w biologii, genetyce i medycynie molekularnej. Teraz my zastanawiamy się jak  zrewolucjonizować naukę precyzyjnie przecinając RNA.

Mijają dwa lata od rozpoczęcia projektu związanego z badaniem RNA. Jakie są namacalne efekty projektu? Co zostało już zrealizowane, a co jeszcze pozostaje do zrobienia?

Niedawno udało się zrealizować jeden z trzech głównych celów projektu finansowanego przez grant ERC - opracowaliśmy procedury, które umożliwiają obiektywną ocenę działania istniejących metod służących do przewidywania struktury RNA. Wyniki prezentowane poprzez serwer internetowy CompaRNA pozwalają wszystkim badaczon zainteresowanym RNA sprawdzić jakie algorytmy nadają się najlepiej do ich potrzeb, a nam pomagają w projektowaniu nowych, lepszych metod. W tej chwili prowadzimy prace nad metodami komputerowymi służącymi zarówno do przewidywania struktury przestrzennej cząsteczek RNA, mając do dyspozycji tylko informację o ich sekwencji, jak i projektować takie sekwencje RNA, które samorzutnie „zwiną się” do zadanej struktury i – mamy nadzieję – będą pełnić zadaną przez nas funkcję.

W jednym z wywiadów stwierdził Pan, iż odpowiednio wpływając na cząsteczki RNA można otrzymać z nich potencjalne leki nowej generacji. W jakich obszarach terapeutycznych mogłyby być wykorzystane? Jaki byłby mechanizm ich działania?

Leki oparte na RNA jeszcze nie weszły na rynek, wiele z nich jest dopiero w fazie badań klinicznych. Częsteczki RNA moga pełnić wiele rozmaitych funkcji: potrafią katalizować reakcje chemiczne, wiązać inne cząsteczki i wpływać na ich właściwości, zmieniać swoją strukturę pod wpływem warunków i działać jako czujniki, tworzyć skomplikowane kształty przestrzenne i wiele, wiele innych. Trudno powiedzieć, które z tych cech okażą się najbardziej wartościowe z punktu widzenia medycyny. Natomiast nie ma wątpliwości, że niezbędne będą zupełnie nowe narzędzia, które umożliwią z jednej strony projektowanie cząsteczek RNA wykazujących takie funkcje, jakich sobie życzymy, a z drugiej strony produkcję tych cząsteczek możliwie tanio i w dużych ilościach. To właśnie połączenie teorii z praktyką ekscytuje mnie najbardziej.

Pańskie projekty mają charakter aplikacyjny. Czy ktoś ze świata biznesu wyraża zainteresowanie wynikami Pańskich projektów? Czy będzie Pan komercjalizować wyniki swoich badań? W jaki sposób?

Celem kierowanego przeze mnie grantu ERC „Dowód Koncepcji” jest właśnie komercjalizacja uzyskanych przez nas wyników. Złożyliśmy wnioski patentowe, intensywnie pracujemy nad usprawnieniem naszych wynalazków i poszukujemy partnerów biznesowych i inwestorów. Nasze największe wyzwanie związane jest z faktem, że na nasze wynalazki jeszcze nie ma rynku: to co proponujemy, nie jest jedynie drobnym usprawnieniem jakiejś istniejącej wcześniej technologii, tylko zupełnie nowym pomysłem. No, ale skoro rynku jeszcze nie ma, to mamy świetną okazję, żeby go spróbować stworzyć. Nawet jeżeli nam się nie uda, to jestem pewien, że nauczymy się czegoś nowego, co przyda się przy innej okazji. 

Pozostanie Pan wierny nauce, czy wykorzystując doświadczenie i wiedzę spróbuje Pan sił w biobiznesie? A może znajdzie Pan złoty środek i zostanie naukowcem business oriented? Jakie są Pana dalsze plany?

Mam chyba większe predyspozycje do pracy naukowej niż do zajmowania się biznesem. Nawet jeżeli uda nam się założyć firmę produkującą i rozpowszechniającą nasze „wynalazki”, to sądzę, że zawsze większą przyjemność sprawiać mi będzie praca nad nowymi odkryciami niż wynajdywanie nowych sposobów na ich sprzedaż. Dlatego stronę komercyjna tego przedsięwzięcia pozostawiam specjalistom, z którymi współpracuję. I wciąż nie mam dalekosiężnych planów ani naukowych ani biznesowych: „szukam wiatru w polu” i czerpię przyjemność z tego, co robie na codzień – przede wszystkim z pracy zespołowej z kreatywnymi entuzjastami badań interdyscyplinarnych i z angażowania się w różne inicjatywy na rzecz nauki w Polsce.

Dziękuje za rozmowę.

 

Pozostaje podziękować osobie, która kiedyś podarowała niepozorną zabawkę edukacyjną Januszowi Bujnickiemu. Kto wie czy nie zmieniła tym gestem historii nauki w naszym kraju.

 

Paulina Marczuk

KOMENTARZE
news

<Sierpień 2017>

pnwtśrczptsbnd
31
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
Real Time PCR
2017-08-28 do 2017-08-29
29
30
1
2
3
Newsletter